[OpenBioMaps] szerver növekedés és átszervezés

Thu Nov 24 11:00:23 CET 2016

Kedves Erika, Sanyi és Lista,

Először is köszönet a gondolatérbresztő levelekért. Szerintem nem lehet
igazán egységessé tenni a nevezéktant, ami érhető is, hiszen, a taxonómia
egy eléggé plasztikus tudomány, ahol nagy változások is bekövetkezhetnek
időnként, hála, újabb elsősorban molekuláris, és filogenetikai statisztikai
módszereknek és néhány lelkes kutatónak aki ezzel dolgozik. Egy lehetséges
és talán legegyszerűbb megoldás, a meglévő neveztéktanok használata
megfelelő hivatkozással (itt az adatbázis szerzőjének döntési szabadsága,
hogy mit használ), így később bármikor reprodukálható az esetleges
taxonómiai reviziók hatására bekövetkező változások. Sanyi azon felvetése,
hogy milyen szintig érdemes a besorolást az adatbázisban megtenni, ezt
eléggé változó hiszen vannak olyan csoportok a család, vagy rend szint már
komoly eredmény pl. baktériumok. Én a rovarászadatbázisokban
(project-specifikus, nem nyilvános adatbázisok), az
osztály-rend-család-nemzetség-teljes-fajnév (alfaj. var. külön jelülölve)
találkoztam, ahol legtöbb esetben a fajnevek technikailag kétféle módon
voltak megadva, először egy adatbázis-változóként (a teljes fajnév egy
oszlopban: pl. Carabus.nemoralis), valamint külön genusz- és fajnév
(differentia specifica) változó (azaz külön oszlopokban), voltak esetek
ahol a rendszertani tipológia egy külön adatbázisban volt megadva, és ez
van belinkelve a biotikai adatokba.

Üdv,
Z.

2016-11-23 14:00 GMT+01:00 Bérces Sándor <bercess at gmail.com>:

> Kedves Listatagok!
>
> Az OpenBioMaps fejlesztése során már korábban felmerült, hogy szükség
> lenne a tárolt fajnevek taxonómiai besorolására és adatbázisban tárolására.
>
> A DINPI adatbázisában eddig nem foglalkoztunk a taxon besorolással, csupán
> egy oszloppal bővítettük a fajokat tartalmazó adattáblát, amibe manuálisan
> beírtuk, hogy gerinctelen, madár, hal, hüllő, kétéltű, denevér, emlős,
> növény.
> A gerinces fajokkal kapcsolatban, a legtöbb esetben, ennél finomabb
> felbontásra ritkán van szükség, azonban a gerinctelenek esetében ez a
> besorolás kevésnek bizonyult. Hamar kiderült, hogy minimum rend (pl.
> *Coleoptera*, *Lepidoptera*, *Odonata *stb.) szinten kellene tudni
> szétválasztani a tárolt taxonokat. Még jobb lenne persze, ha család szintig
> lehetne azonosítani a fajokat. (Néhány ízeltlábú taxonnál a család
> meghatározása problémás lehet pl. egyes ormányosbogarak, szúbogarak,
> levélbogarak esetében.)
>
> A kérdésem az, hogy szerintetek hogyan lehetne tárolni a fajok
> rendszertani besorolását?
>
> Az adatbázis megalkotásánál fontosnak tartottuk, hogy mindenki olyan
> névvel rögzíthesse a fajokat amilyennel csak akarja. A szakmai indokunk az
> volt, hogy többször fordult elő, hogy visszatért egy régi fajnév, amit már
> egyszer invalidnak nyilvánítottak, vagy szétválasztottak fajokat, mely a
> névhasználatban valahogy tükröződött. Ennek viszont az a következménye,
> hogy tárolnunk kell a szinonimokat. Erre Miki egy nagyon klassz modult
> készített, ami -- ha jó értem -- összekapcsolja a neveket egymással és így
> mindegy, hogy mely névre keresünk eredményként a keresett taxon 'régi' és
> 'új' nevével szerelő adatokat egyaránt visszakapjuk. Ezt a modult azonban
> közvetlen adatbázis kapcsolat esetén nem tudjuk használni, hiszen ilyenkor
> a 'primer' táblát kérdezzük le.
>
> Ehhez kapcsolódó kérdésem: hogyan lehetne megvalósítani, hogy az
> OpenBioMaps funkciók elérhetők legyenek mondjuk QGIS-ből közvetlenül is?
> Felmerülhet egy QGIS modul készítésének lehetősége?
>
> Korábban Bán Mikivel hosszasan egyeztettünk a taxonómiai témáról és arra
> jutottunk, hogy a nemzetközi sztenderdekhez kellene alkalmazkodnunk. Akkor
> arra jutottunk, hogy azokat a taxon neveket tekintjük elfogadott (valid)
> névnek, melyeket a Catalogue of Life-ban (COL) publikáltak. Reménytelen
> feladatnak látszik olyan szakmai kérdésekben konszenzusra jutni, mint
> amilyen annak megítélése, hogy mi egy adott faj aktuálisan elfogadott latin
> neve. A saját adatbázisunkban nem foglalkoztunk az alfajok kérdésével,
> azonban több taxon név is így került be az adatbázisba alfaj névvel együtt.
> Jó lenne tudni, hogy más hogyan kezeli ezt a problémát.
>
> Az ehhez kapcsolódó kérdésem, hogy miként lehetne összekapcsolni a saját
> név adatbázist a COL-ben tárolt taxon nevekkel? Lehetséges lenne-e a saját
> adatbázisunkban használt neveket  és a COL neveit úgy összefésülni, hogy
> nem minden esetben a COL álláspontját fogadjuk el?
> pl. *Carabus hampei* jelenleg a COL-ben *Carabus (Morphocarabus) rothi
> hampei* Küster, 1846 (http://www.catalogueoflife.
> org/col/details/species/id/cdfc1d0d46425bc222b17f471bac7578/source/tree)
> néven szerepel, a szinonimok között sem találok *C. hampei*-t. Ez a
> futóbogár egyébként így *C. hampei*-ként szerepel az EU Élőhelyvédelmi
> Itányelv II. sz függelékében.
>
> Kíváncsian várom a javaslatokat észrevételeket.
>
> Üdv:
> S
>
> Bérces Sándor
> Duna-Ipoly Nemzeti Park Igazgatóság
>
>
>
> _______________________________________________
> Biomaps mailing list
> Biomaps at lists.openbiomaps.org
> http://lists.openbiomaps.org/cgi-bin/mailman/listinfo/biomaps
>
>

-- 
-------------------------------------------------------------------------------------------------
Zoltán Elek
Research Scientist, PhD
MTA-ELTE-MTM, Ecology Research Group,
Pázmány Péter sétány 1C , H-1117 Budapest, Hungary
Tel.:+36.1.210.1075 ext.5038, Fax:+36.1.334.2785,
e-mail: zoltan.elek2[at]gmail.com
website, official: http://ecology.nhmus.hu/
website, personal: http://sites.google.com/site/zoltanelekpersonal/
other: http://www.photoblog.com/Ianua/
-------------------------------------------------------------------------------------------------
--------- következő rész ---------
Egy csatolt HTML állomány át lett konvertálva...
URL: <http://lists.openbiomaps.org/pipermail/biomaps/attachments/20161124/7149076d/attachment-0001.html>